Angel Acebes, entonces ministro del Interior del Gobierno de Aznar, se querelló en 2003 contra Martxelo Otamendi por considerar que sus denuncias de torturas contra la Guardia Civil eran falsas y suponían un delito de colaboración con ETA. 'Han seguido a pies juntillas un manual de ETA que aconseja a sus militantes que denuncien torturas cuando son detenidos'.

Aquella querella de Acebes fue archivada por la Audiencia Nacional, y, por contra, el exdirector de Egunkaria ha visto finalmente estimada su demanda judicial en el Tribunal Europeo de Derechos Humanos.

Tras conocer las denuncias de torturas de Otamendi, Acebes convocó una rueda de prensa en la que anunció la presentación de la querella ante la Audiencia Nacional, a la que adjuntó una copia de un manual de ETA en el que se ordenaba a sus integrantes denunciar torturas en caso de detención.

Acebes señaló que la denuncia de Otamendi no sólo pretendía injuriar y calumniar a la Guardia Civil, sino que además cumplía con los fines y los objetivos de la organización terrorista detallados en el manual. La querella se interpuso por colaboración con banda armada, denuncia falsa y obstrucción a la justicia.

Tras formalizar la querella, Otamendi contestó a Acebes: 'Nunca he seguido el manual de nadie, sino el manual de mi conciencia y el manual de mi dignidad'. Calificó de 'absurdo' y 'escándalo' la querella de Interior contra él, y ratificó haber sido objeto de malos tratos durante su detención. Consideró además que la querella de Acebes contra él era 'un mensaje al túnel de la impunidad: Tranquilos chicos, que os cubrimos'.