Que nunca hubo química entre los dos paisanos es un hecho de sobra conocido en sus entornos. Que podrían haberlo disimulado en pro de eso que llaman 'cortesía institucional', también. Sin embargo, Mariano Rajoy -27 meses como jefe del Ejecutivo- ha considerado que la relación entre la Conferencia Episcopal Española (CEE) -hasta hoy presidida por Antonio María Rouco Varela- y el Gobierno podía seguir los cauces normales y esperados de un partido católico en el poder sin necesidad de dar al arzobispo de Madrid la satisfacción de hacerse la foto con él en La Moncloa. Como sí hicieron, en cambio, sus antecesores José María Aznar (PP) y José Luis Rodríguez Zapatero (PSOE)

Rajoy delegó los encuentros y el trato institucional con Rouco en su vicepresidenta y Soraya Sáenz de Santamaría los asumió con la misma disposición que el resto de responsabilidades, aun a pesar del arzobispo, que siguió enviando mensajes al presidente para que cerrase un encuentro oficial de ambos en La Moncloa, confirman fuentes de ambos lados. En estos dos años largos, Rajoy y Rouco mantuvieron algún contacto informal; jamás los dos solos y siempre con poca gente de testigo alrededor. Los colaboradores del jefe del Ejecutivo nunca han comentado estos encuentros, por tratarse de la agenda privada de Rajoy y a pesar del interés que despertaban.

Rajoy delegó los encuentros y el trato institucional con Rouco en su vicepresidenta Sáenz de SantamaríaLa distancia que separa a Rajoy y Rouco, a voluntad del presidente, no es casual, ni mucho menos, sino que constituye el fruto de una muy mal calculada estrategia del cardenal durante el periodo en el que el hoy jefe del Ejecutivo con una mayoría absoluta inédita lideraba la oposición conservadora. Rouco, argumentan los conservadores, nunca se creyó que Rajoy llegaría a ser presidente del Gobierno, como tantos otros en el PP y que han sido cuidadosamente apartados de la órbita del poder y castigados con la indiferencia del presidente (Aznar y su núcleo de FAES, sin ir más lejos, recuerdan)

El presidente de la Conferencia Episcopal ninguneó los esfuerzos de Rajoy y de su equipo de entonces, que le pedían que, en torno a 2008 sobre todo, exigiese a la Cope y a su estrella del momento, Federico Jiménez Losantos, que rebajasen los ataques al líder del PP y dejasen de insultarle (el archiconocido maricomplejines data de esa época) Pero Rouco no sólo ignoró las peticiones del sucesor de Aznar, sino que alentó el apoyo explícito que Losantos, Pedro J Ramírez (desde El Mundo y desde las tertulias de la Cope) y la emisora, en general, dieron a Esperanza Aguirre como alternativa a Rajoy al frente del Partido Popular. El arzobispo de Madrid no se privó tampoco de comentar en varias ocasiones su preferencia por Aguirre frente a Rajoy. 

La estrategia a favor de la presidenta del partido en Madrid y los movimientos de ésta provocaron un profundo desgaste en Rajoy, aunque salvó los muebles en el Congreso de Valencia de 2008 siendo reelegido líder, gracias, entre otros, al apoyo de Francisco Camps y el PP valenciano, entonces una de las formaciones más poderosas del mapa conservador. Con todo, obtuvo menos apoyos de los que consiguió Manuel Fraga en el cónclave de la refundación.