La Audiencia Nacional ha asumido la investigación de un nuevo caso basándose en el principio de persecución universal. Se trata de la matanza de jesuitas perpetrada en El Salvador en 1989. El juez de la Audiencia Nacional Eloy Velasco ha admitido a trámite la querella por asesinatos terroristas y contra el derecho de gentes presentada por la Asociación pro Derechos Humanos de España y el Center for Justice and Accountability, de Estados Unidos, salvo en lo relativo al ex presidente salvadoreño Alfredo Cristiani.

El juez considera que los indicios existentes contra Cristiani son insuficientes para imputarle y que el delito de encubrimiento del que se le acusa en la querella no está incluido en la relación de delitos que la Ley Orgánica del Poder Judicial establece como propios de la Audiencia Nacional.

Algo similar ocurre con la falta de competencia de la Audiencia para investigar los crímenes contra la humanidad cometidos en España. Pese a que los Juzgados Centrales de Instrucción investigan varios casos de delitos de persecución universal cometidos en América o Asia, no pueden investigar los ocurridos en España, como los perpetrados durante la Guerra Civil y el franquismo, porque no aparecen en el listado de competencias de la Audiencia. Por eso la primera causa penal abierta por los crímenes de la Guerra Civil ha quedado dispersa por los juzgados locales donde se han encontrado fosas de desaparecidos o donde se pudo producir el secuestro de los llamados niños perdidos del franquismo.

La querella admitida a trámite se dirige contra catorce militares salvadoreños a los que se atribuye el asesinato, el 16 de noviembre de 1989, de seis jesuitas cinco de ellos españoles, su ama de llaves y la hija de ésta, de 16 años. El Ejército salvadoreño estaba en plena ofensiva contra el Frente Farabundo Martí de Liberación Nacional y trató de culpar a este grupo de la masacre.

El asesinato del rector de la Universidad Centroamericana (UCA), el español Ignacio Ellacuría, y de las demás víctimas del asalto fue juzgado en El Salvador en 1991. Sólo hubo dos condenados, el coronel Guillermo Benavides y el teniente Yussy Mendoza, que se beneficiaron de la ley de amnistía promulgada el año siguiente.

El juez Velasco interrogará como testigos al juez Ricardo Zamora, al ex fiscal general salvadoreño Belisario Amadeo Artiga y a los abogados Henry Campos y Sidney Blanco, que participaron en el proceso. Además, cursará una comisión rogatoria a El Salvador para recabar el procedimiento, y otra a Estados Unidos para que testifiquen dos miembros de la Comisión del Congreso que investigaron lo sucedido.